Người Mã Lai nói chung phản đối thiết lập Liên hiệp. Sự phản đối là do các phương pháp mà Harold MacMichael sử dụng để đạt được sự tán thành của các Sultan, giảm bớt quyền lực của các Sultan, trao quyền công dân cho những người nhập cư phi Mã Lai và hậu duệ của họ, đặc biệt là người Hoa, không chỉ do khác biệt về sắc tộc và tôn giáo mà còn vì nhóm này chiếm địa vị ưu thế về kinh tế nên được nhận định là một mối đe dọa đối với người Mã Lai. Tổ chức Dân tộc Mã Lai Thống nhất( UMNO) do Onn bin Ja'afar thành lập vào ngày 1 tháng 3 năm 1946 phản đối Liên hiệp Malaya. Người Mã Lai cũng đeo các dải băng trắng quanh đầu của họ, biểu thị rằng họ đau buồn trước việc các Sultan bị mất quyền chính trị. Các quan chức chính phủ Malaya cũ chỉ trích cách thức tiến hành các cải cách hiến pháp tại Malaya thậm chí nói rằng nó đi ngược lại các nguyên tắc của Hiến chương Đại Tây Dương. Họ cũng khuyến khích người Mã Lai phản đối Liên hiệp Malaya.

Sau khi Liên hiệp Malaya hình thành, người Mã Lai dưới sự lãnh đạo của UMNO tiếp tục phản đối Liên hiệp Malaya. Họ sử dụng bất tuân dân sự làm phương thức kháng nghị, theo đó từ chối tham dự các nghi thức nhậm chức của các thống đốc người Anh. Họ cũng từ chối tham dự trong các cuộc hội của Hội đồng cố vấn, do đó sự tham dự của người Mã Lai trong bộ máy chính quyền và tiến trình chính trị bị ngưng lại hoàn toàn. Người Anh nhận thức được vấn đề này và đưa ra các biện pháp nhằm cân nhắc ý kiến của các dân tộc lớn tại Malaya trước khi tiến hành tu chính hiến pháp. Liên hiệp Malaya ngưng tồn tại vào tháng 1 năm 1948, thay thế nó là Liên bang Malaya.